Depuis l’Antiquité, Villevieux est un lieu de passage important, puisque la voie romaine qui reliait Lons-le-Saunier à Chalon-sur-Saône traversait le village. On l'appelait la grande Charrière, le grand Chemin.

 Dès le XIVe siècle, Villevieux reçut la dénomination de la Ville-Vieille de Bletterans, puis celle de la Ville-Vieux. Bletterans se divisait en trois quartiers distincts : le castrum, qui était le Bletterans actuel, la villa, le Villevieux d'aujourd'hui, où fut bâtie l'église paroissiale, et le castellum, qui s'élevait entre ces deux groupes d'habitations.  Les habitants de la Grande Communauté (Bletterans, Villevieux et Fontainebrux) étaient propriétaires des bois, des cours d'eau, du droit de chasse et de pêche, et nommaient eux-mêmes les officiers chargés d'exercer en leur nom la justice moyenne et basse et de prononcer à leur profit les amendes. 

   Les Français brûlèrent et ravagèrent entièrement le village en 1637. Après la peste, la guerre a fait presque place nette, et le plus ancien registre de l'état civil, daté de 1652, ne compte qu’une cinquantaine d’actes (naissances, mariages) sur deux décennies pour l’ensemble de la Grande Communauté. Ce n’est qu’en 1780 que Villevieux retrouve 225 foyers, et Bletterans 140.

   Le Hameau de Fontainebru ou des Charbonnières se forma au milieu des bois de la grande communauté indivise au XVe siècle. Quelques familles de charbonniers commencèrent à cette époque les premiers défrichements.  L’acte de décès d'Antoine Touillier, daté 13 février 1678, le dit « habitans in sylvius de la Villevieux vulgo dutis les Charbonnières ». Ce hameau se développa au point de devenir commune à part entière en 1907.

De l’histoire plus récente, on retiendra :

•    La répression consécutive au coup d’État du 2 décembre 1851, de Napoléon III, condamna au bagne, sur dénonciation, trois jeunes hommes du village (Ambroise Larfeuillet « maire de 1848 », Emmanuel Jalley, cultivateur, et le fils de l’instituteur, Evariste Card). Tous décéderont après quelques mois passés sur le territoire algérien.
• Le Jura fait partie des 14 départements François où la répression fut la plus sévère.
• L’épidémie de choléra en 1854 fit des ravages à Ruffey, Desnes et Villevieux, épargnant les autres communes du canton. L’état civil enregistre 37 décès en quelques semaines pour la seule commune de Villevieux (54 pour l’ensemble de l’année).
• Si la guerre de 1870 laissa peu de trace dans la mémoire collective, la 1ere guerre mondiale fit table rase du passé, emportant un nombre considérable d’hommes du village.

 La Résistance à Villevieux

   La commune est décorée de la Croix de Guerre 1939-1945 pour son rôle dans la Résistance, et comme l’un des « principaux lieux de départ des liaisons aériennes à destination de l’Angleterre, et s’est acquis rapidement un renom dans ce genre de missions périlleuses ».

   Les dames Bergerot, « les sœurs du château », eurent un rôle essentiel. Sollicitées par Fernand Mariller alias « Paul », fromager du village et responsable local du Service Atterrissages-parachutages (SAP) qui supervise la venue des avions anglais de la Royal Air Force sur des terrains clandestins aux alentours, elles hébergent des voyageurs en provenance ou à destination de Londres que leur adresse notamment Paul Rivière, le chef du SAP pour la région, ainsi que des Maquisards soignés par les docteurs Michel (qui sera abattu par les Allemands le 27 avril 1944) et Perrodin.

  Leur demeure se trouve près du terrain Orion, l’un des plus importants des terrains clandestins. Aidées par Jean et Germaine Carmantrand, qui habitent la ferme du château, elles ont accueilli notamment des aviateurs anglais et des Français, tels Yvon Morandat, Emmanuel d’Astier de la Vignerie, Henri Frenay (chef du mouvement Combat), la famille Aubrac, mais aussi Jean Moulin, à plusieurs reprises, le Général Delestraint ou encore John Brough, un aviateur anglais rescapé d’un crash, et de nombreux autres. 

  Par ailleurs, le 17 juin 1944, un groupe de 56 maquisards du secteur (FFI groupement Besson) se dirige vers le 1er plateau du Jura pour rejoindre le maquis de l’Ain. Près de CLAIRVAUX, à BOISSIA, une rencontre avec une colonne allemande provoque la mort de 15 d'entre eux. Six étaient de Villevieux: Marcel Blanchot, Marcel Bon, Joseph Carmantrand, Charles Chalumeau, Paul Monnot et Roger Vallot.

   Trois sources nous permettent de connaître l’histoire et l’évolution des propriétés foncières de notre commune depuis le XVIIIe siècle, époque à laquelle L’État a voulu recenser et évaluer les propriétés terriennes pour le calcul des impôts :

• Les arpentements communaux du XVIIIe siècle (1713-1789) proviennent de la collection de la Chambre des comptes de Dole. Celui de la Communauté Villevieux/ Bletterans a été dressé par Jean-Louis-Joseph Meynier, arpenteur au bailliage de Lons-le-Saunier en 1747. L’intérêt principal est l’identification des lieux-dits, dont les noms ont été conservés jusqu’à notre époque.   Les terres sont extrêmement morcelées, de qualité variable, et réparties en une multitude de propriétaires : l'abbesse de Château-Chalon, la famille Courbe, les seigneuries voisines (Desnes, de Champdhivers, de Grusse, de Grivel, de Montmartin...), le clergé (cures de Desnes, Larnaud et Saillenard, familiarités de Bletterans et Villevieux, ordres réguliers tels les carmes déchaussés) et l'hôpital de Lons-le-Saunier.
• Le Cadastre napoléonien : exécuté en 1811 nous indique une surface territoriale de 1685 ha divisés en 4 094 parcelles que possèdent 784 propriétaires : 611 en bois, 602 en terres labourables, 335 en prés, 49h 31a en étangs, 39h 54a en pâtures..
• Le Plan d’alignement de 1893